Provavelmente os arquivos .flv estão associados ao Windows Media Player, você pode tentar fazer duas coisas, 1 associar os arquivos flv com o j river media center ou 2 desassociar os arquivos flv de todos os programas para ver se quando tenta executar o media center reconhece eles pelo reader e executa automaticamente, só tente o segundo se o primeiro não der certo. para o primeiro abra o media center vá em ferramentas, opções, tipos de ficheiros e procure por flv e marque a caixa file association, para o segundo vá em qualquer pasta no windows explorer e no menu superior entre em ferramentas, opções de pasta e tipos de arquivo, procure por flv e exclua confirme a exclusão e saia.
Obs.: Pode parecer um pouco idiota mas não sei se você sabe que o j river usa plugins externos e então você tem que ter eles instalados no pc para os arquivos rodarem nele por isso tenha certeza de ter um bom pacote de plugins (como o cccp ou o K-Lite Mega Codec Pack), que rode flv sem jogálos para outro programa pois se o único plugin que roda flv que você tiver for o do media player ele vai abrir quando você tentar rodar e como o youtube não aceita esse tipo de link o video não vai rodar.
