>リンク切れファイル
とはライブラリーのデータと実際のファイルとの不整合ですよね。フォルダー作った、移動した、消した、・・・・。
自動で消す機能や手順は知りませんが、新しく作ることで「リンク切れ」のないライブラリになると思います。
実際にやったことないんで細かい手順は書けないんですが、
・現在のライブラリのバックアップを念のため作る
・「新しいライブラリを追加」する
・「新しいライブラリ」に対して現在の楽曲のファイルなどをもう一度「インポート」する。
・正確にインポートされていれば、古いライブラリはそのうち消す。
というのはどうでしょうか。
読み込むのにかなり時間かかると思いますが。